Kauno miesto  muziejus įkurtas 1897 metais liepos mėnesį, Kauno tvirtovės artilerijos pulkininkui E.Goliškinui miesto dūmai padovanojus 1000 egz. archeologijos  rinkinį,  mineralų ir paleontologijos kolekciją. Prelatas J. Radavičius  paaukojo 800 vnt. numizmatikos rinkinį. Visą turtą tvarkė pats E.Goliškinas, o vėliau jam į pagalbą atėjo Kauno gimnazijos  mokytojas K.Gukovskis, kuris miesto muziejui padovanojo vertingas surinktas  archeologijos, numizmatikos bei žmonos Melanijos sukauptą lietuvių liaudies audinių kolekciją. Jis rūpinosi ir Kauno istorinių paminklų apsauga: Kauno pilimi ir kitais architektūros objektais.

Nuo 1907 m.  Kauno miesto muziejui pradeda vadovauti ir pirmuoju oficialiu direktoriumi tampa archeologas Tadas Daugirdas. Be minėtų rinkinių į muziejų atkeliaudavo daug  eksponatų  iš provincijos.  1930 metais fonduose buvo saugojamos  archeologijos, numizmatikos, liaudies dirbinių kolekcijos, kurias sudarė  per 3000 eksponatų. 1936 m., atidarius Vytauto Didžiojo kultūros muziejų, visi eksponatai buvo perduoti naujiems fondams, o Kauno miesto muziejus uždarytas.

2005 m. spalio 20 d. atkurtas Kauno miesto muziejus tęsia 1897-1936 metais veikusio muziejaus veiklą.

Muziejus renka, saugo ir populiarina eksponatus apie miesto vystimosi istoriją. Fonduose  suformuoti fotografijų, numizmatikos, dokumentų, spaudinių, meno kūrinių, memorialinių daiktų, knygų rinkiniai. Lankytojai taip gali susipažinti su kompaktinėse plokštelėse įrašyta Nepriklausomybės laikotarpio populiaria muzika bei Kauno miesto vaizdais. Muziejuje saugomi ir įvairių Lietuvai nusipelniusių asmenų archyvai.

Naujausių eksponatų vitrina - erdvė skirta visuomenei pristatyti ir lankytojams išvysti iki šiol dar neeksponuotas muziejines vertybes. Šį kartą dėmesio reikalauja šeši eksponatai - iš pirmo žvilgsnio mažai ką bendro turintys, pažvelgus  įdėmiau - vienas su kitu susiję Kauno miesto istoriją pasakojantys simboliai.

Prieš Kalėdas Kauno miesto muziejus gavo netradicinę dovaną: muziejaus fondus papildė retas eksponatas - carinės Rusijos himno autoriaus Aleksejaus Lvovo portreto kopija. Šio garsios Rusijos aristokratų giminės atstovo atvaizdas Lietuvoje iki šiol nebuvo žinomas. Maskvos V.Tropinino muziejuje jį aptiko ir kelionę į Lietuvą iniciavo ir įgyvendino kaunietis gidas Chaimas Bargmanas drauge su Kauno rusų kultūros centro nariu A.Čupkovu.

2010-ųjų pradžioje kaunietis Algirdas Šileikis kreipėsi į vicemerą S. Buškevičių, pranešdamas, kad nori Kauno miestui, inžinierių kalvei, padovanoti veikiančių techninių sisteminių-programinių priemonių, atspindinčių 1985-2000 metų informatikos raidą Lietuvoje ir Europoje, rinkinį.