Kauno miesto muziejus siekia derinti muziejinių vertybių ir iškiliausių Kauno istorijos ir kultūros asmenybių memorialinio palikimo kaupimą ir saugojimą su komunikacija, informacijos visuomenei teikimu ir jos švietimu; susieti kultūros paveldo apsaugą su gyventojų kultūros poreikiais ir kultūros paslaugų teikimu; saugoti ir puoselėti Kauno miesto ir jo apylinkių istorijos ir kultūros tapatumą ir jį aktualizuoti; skatinti Kauno miesto istorijos ir kultūros atvirumą bei plėtoti informacinę visuomenę.
Išsikeltų tikslų Muziejus siekia įgyvendindamas šias veiklos sritis: