Kauno miesto muziejus siekia derinti muziejinių vertybių ir iškiliausių Kauno istorijos ir kultūros asmenybių memorialinio palikimo kaupimą ir saugojimą su komunikacija, informacijos visuomenei teikimu ir jos švietimu; susieti kultūros paveldo apsaugą su gyventojų kultūros poreikiais ir kultūros paslaugų teikimu; saugoti ir puoselėti Kauno miesto ir jo apylinkių istorijos ir kultūros tapatumą ir jį aktualizuoti; skatinti Kauno miesto istorijos ir kultūros atvirumą bei plėtoti informacinę visuomenę.

Išsikeltų tikslų Muziejus siekia įgyvendindamas šias veiklos sritis:

• muziejų veikla;
• istorinių vietų ir pastatų bei panašių turistų lankomų vietų eksploatavimas;
• pramogų ir poilsio organizavimo veikla;
• kita pramogų ir poilsio organizavimo veikla;
• bendroji viešojo valdymo veikla;
• kultūrinis švietimas;
• meninė kūryba;
• kita leidyba;
• nuosavo arba nuomojamo nekilnojamojo turto nuoma ir eksploatavimas.